Banyaknya pondok pesantern yang belum memiliki satuan pendidikan atau madrasah dan minimnya sarana dan prasarana yang dimiliki dan pimpinan pondok pesantern (kiai) sebagai pengajar tunggal yang mendorong untuk menganalisis keberlanjutan organisasi pondok pesantern, pada 5 pondok pesantern di Daerah Banten dan Sumatera Selatan. namun pengumpulan data terpusat pada pondok pesantern yang memiliki fasilitas yang cukup lengkap baik dari segi tingkat pendidikan maupun sarana dan prasarana. Dan memusatkan pada ketangguhan organisasi, kepercayaan masyarakat, komitmen organisasi, pendanaan organisasi, kinerja organisasi serta keberlanjutan organisasi. Melalui 223 responden yaitu ustad dan ustazah serta menggunakan kuestionaer melalui google form secara purposive sampling, dan diolah dengan Structural Equation Modeling Smart Partial Least Square versi 3. Hasil analisis menunjukkan bahwa 7 hipotesis ditolak yaitu kepercayaan komunitas tidak berpengaruh terhdap kinerja organisasi maupun keberlanjutan organisasi, maupun terhadap keberlanjutan organisasi melalui kinerja organisasi, komitmen organisasi tidak berpengaruh terhadap keberlanjutan organisasi, maupun terhadap keberlanjutan organisasi melalui kinerja organisasi, kinerja organisasi terhadap keberlanjutan organisasi, serta pendanaan organisasi terhadap keberlanjutan organisasi melalui kinerja organisasi. dan 3 hipotesis diterima tetapi berlawan arah (menunjukkan arah negatif) dari harapan yaitu ketangguhan organisasi terhadap kinerja organisasi maupun terhadap keberlanjutan organisasi, pendanaan organisasi terhadap kinerja organisasi , dan hanya 3 hipotesis yang benar benar memenhi harapan yaitu komitmen organisasi terhadap kinerja organisasi, pendanaan organisasi terhadap keberlanjutan organisasi, ketangguhan organisasi terhadap keberlanjutan organisasi melalui kinerja organisasi. Dan penelitian ini memberikan pengayaan terhadap ilmu pengetahuan karena menunjukkan teori yang digunakan tidak sepenuhnya dapat digunakan dalam organisasi pondok pesantern dan bersifat innovation karena menggunakan teori teori yang lama namun dengan pendekatan yang berbeda.